厦门市绿化中心的前身为厦门市绿化管理中心，成立于2008年，为厦门市市政园林局直属，副处级公益一类事业单位，由原厦门市绿化工程处和厦门市护林大队合并组成。2015年厦门市森林病虫害防治检疫站职能并入厦门市绿化管理中心（加挂厦门市森林病虫害防治检疫站和厦门市园林绿化科学研究中心牌子）。2019年由厦门市绿化管理中心（厦门市森林病虫害防治检疫站、厦门市园林绿化科学研究中心）更名为“厦门市绿化中心（厦门市森林病虫害防治技术站）”，主要职责为：承担市管道路绿化养护管理、绿化考评、市级财政投资园林绿化项目施工图核查、全市林业与园林有害生物防治检疫、全市古树名木保护、园林绿化职业培训等方面的技术性、辅助性和事务性工作。中心内设机构8个，分别为办公室、绿地监管科、质量管理科、病虫害测报防治科、规划建设科、森林植物检疫科、群众绿化科、设备与应急管理科。中心核定编制54名，领导职数为1正3副，现拥有中高级专业技术人员31人，硕博士10多人。